Sur la base des résultats des missions de contrôle effectuées par la Cour des comptes, celle-ci émet des recommandations aux entités contrôlées afin d'identifier les dysfonctionnements potentiels et d'anticiper les risques éventuels, dans le but d'améliorer la gestion des entités soumises au contrôle, d'accroître leur performance, et d'améliorer la qualité des services rendus aux citoyens.

Les juridictions financières veillent, à cet égard, à la qualité de leurs recommandations pour qu’elles soient précises, constructives, et applicables. Elles adoptent ainsi une approche préventive et interactive élargie avec les entités auditées et les parties concernées, tout en mettant en lumière les améliorations constatées et en partageant les meilleures pratiques.

Depuis 2008, les juridictions financières ont pris l'habitude d'adresser des formulaires et questionnaires précis (suivi documentaire) aux entités concernées deux ans après la publication des recommandations dans le rapport annuel, ou d’effectuer des missions de suivi sur le terrain. Cette démarche permet de vérifier les mesures adoptées par les entités pour mettre en œuvre les recommandations, d'évaluer leur impact sur la gestion de ces entités, et d'identifier, le cas échéant, les facteurs ayant empêché l'exécution de certaines recommandations.

Dans le cadre de l'adoption des orientations stratégiques des juridictions financières pour la période 2022-2026 et de son engagement dans le chantier national de transformation digitale, et afin d'améliorer et élargir le suivi des recommandations, la Cour a lancé en 2022 une plateforme numérique dédiée à cet effet, constituant une expérience pionnière au niveau des institutions supérieures de contrôle. 

Depuis sa mise en place, cette plateforme a contribué à augmenter la valeur ajoutée des travaux de contrôle des juridictions financières et a favorisé une mise en œuvre effective des recommandations par les entités concernées, grâce aux outils qu'elle offre pour un suivi continu et immédiat des recommandations.