يمارس مهام النيابة العامة لدى المجلس الأعلى للحسابات الوكيل العام للملك الذي يعين لهذا الغرض بواسطة ظهير يحدد وضعيته الإدارية، ولا يقوم بمهام النيابة العامة إلا في المسائل القضائية المسند النظر فيها إلى المجلس، ويساعده في ذلك محامون عامون. كما يمارس هذه المهام، على مستوى المجالس الجهوية للحسابات، وكلاء الملك بمساعدة نائب أو عدة نواب.

ويعمل المحامون العامون تحت إشراف الوكيل العام للملك، فيما يلزم وكلاء الملك لدى المجالس الجهوية للحسابات بإطلاع الوكيل العام للملك بواسطة تقارير على سير أعمال النيابة العامة لدى هذه المجالس.

وهكذا يتجلى تدخل النيابة العامة، بواسطة الوكيل العام للملك، في الجوانب ذات الصبغة القضائية التي تطبع عمل المحاكم المالية على النحو التالي:

في مادة التدقيق والبت في الحسابات:

• يتتبع الوكيل العام للملك عملية توصل المجلس بحسابات المحاسبين العموميين في الآجال المحددة بمقتضى النصوص الجاري بها العمل، ويلتمس من الرئيس الأول للمجلس تطبيق الغرامة عند كل تأخير في تقديم الحسابات أو المستندات المثبتة في الآجال المقررة، والغرامة التهديدية عن كل شهر من التأخير عند الاقتضاء.
• يضع الوكيل العام للملك مستنتجاته حول تقارير تدقيق الحسابات، من أجل إعداد القرارات التمهيدية أو النهائية، والتي يتوصل بها من طرف المستشار المراجع.
• يحضر ممثل النيابة العامة جلسات الحكم، وإذا تغيب عن الحضور تولى رئيس الهيئة تلاوة هذه المستنتجات.
• يحيل الوكيل العام للملك إلى المجلس بواسطة قرار العمليات التي قد تشكل تسييرا بحكم الواقع إما من تلقاء نفسه أو بناء على طلب من الجهات المخول لها ذلك قانونا.

في مادة التأديب المتعلق بالميزانية والشؤون المالية:

• يحيل الوكيل العام للملك على المجلس قضايا التأديب المالي، إما من تلقاء نفسه أو استنادا إلى إحالة من إحدى الجهات (الداخلية أو الخارجية) المخولة حق رفع هذه القضايا، بناء على الوثائق التي يتوصل بها وعلى المعلومات والوثائق الأخرى التي يمكن أن يطلبها من الجهات المختصة.
• يضع مستنتجاته حول التقارير التي يقوم بتحريرها المستشارون المقررون عند الانتهاء من التحقيق.
• يحضر جلسات الحكم وأثناء ذلك يمكن أن يقدم ملتمسات جديدة (شفويا)، ويجوز له أن يعين محاميا عاما لتمثيله في هذه الجلسات.

طرق الطعن:

للوكيل العام للملك حق استئناف القرارات الصادرة ابتدائيا عن إحدى غرف المجلس، وكذا الحق في الطعن بالنقض أمام محكمة النقض ضد القرارات النهائية الصادرة استئنافيا عن المجلس، كما أن له الحق في طلب مراجعة القرارات النهائية الصادرة عن المجلس في حال اكتشاف عنصر جديد.

تنسيق ومراقبة عمل النيابة العامة لدى المجالس الجهوية للحسابات: 

من خلال التقارير التي يتوصل بها في هذا الصدد من وكلاء الملك.

دراسة وإحالة الأفعال التي قد تستوجب عقوبة جنائية:

على وزير العدل، سواء من تلقاء نفسه أو بإيعاز من الرئيس الأول للمجلس، قصد اتخاذ ما يراه ملائما؛ كما يمكنه، في حال اكتشاف المجلس لأفعال من شأنها أن تستوجب عقوبة تأديبية، إخبار السلطة التي لها حق التأديب بالنسبة للمعني بالأمر بهذه الأفعال.

يسهر الكاتب العام للمجلس على أن تقدم الحسابات والوثائق والمستندات المنصوص عليها في مدونة المحاكم المالية من طرف المعنيين بالأمر في الآجال المحددة، ويشعر الوكيل العام للملك بكل تأخير في هذا الصدد.

ويساعد الرئيس الأول في تنسيق أشغال المجلس وفي تنظيم جلسات هيئات المجلس. ويساهم معه كذلك في تنسيق أشغال المجالس الجهوية.

ويمكن أن يفوض إليه الرئيس الأول إمضاءه بقرار في المسائل التي تتعلق بتسيير موظفي المحاكم المالية.

ويتولى تحت سلطة الرئيس الأول، تسيير المصالح الإدارية للمجلس وكتابة الضبط.

تتولى كتابة الضبط تسجيل الحسابات والوثائق المحاسبية الأخرى المقدمة إلى المجلس وتوزيعها على الغرف حسب برنامج أشغال المجلس، وتقوم بحفظ الحسابات والوثائق المذكورة وكذا بتبليغ قرارات وإجراءات المجلس الأخرى، كما تشهد بصحة نسخ ومختصرات الأحكام القضائية.