في ضوء قانون الاختصاصات المالية، يتكون المجلس من الرئاسة، والنيابة العامة، والأمانة العامة:
والغرف الدائمة
يمارس الرئيس الأول اختصاصاته بموجب مقرر أو قرار أو أمر أو مذكرة استعجالية. ويضطلع أساسا بالصلاحيات التالية :
يرأس الجلسة الرسمية والغرف المجتمعة وغرفة المشورة ولجنة البرامج والتقارير ومجلس قضاء المحاكم المالي
يمارس مهام النيابة العامة لدى المجلس الأعلى للحسابات الوكيل العام للملك الذي يعين لهذا الغرض بواسطة ظهير يحدد وضعيته الإدارية، ولا يقوم بمهام النيابة العامة إلا في المسائل القضائية المسند النظر فيها إلى المجلس، ويساعده في ذلك محامون عامون. كما يمارس هذه المهام، على مستوى المجالس الجهوية للحسابات، وكلاء الملك بمساعدة نائب أو عدة نواب.
ويعمل المحامون العامون تحت إشراف الوكيل العام للملك، فيما يلزم وكلاء الملك لدى المجالس الجهوية للحسابات بإطلاع الوكيل العام للملك بواسطة تقارير على سير أعمال النيابة العامة لدى هذه المجالس.
وهكذا يتجلى تدخل النيابة العامة، بواسطة الوكيل العام للملك، في الجوانب ذات الصبغة القضائية التي تطبع عمل المحاكم المالية على النحو التالي:
في مادة التدقيق والبت في الحسابات :
يتتبع الوكيل العام للملك عملية توصل المجلس بحسابات المحاسبين العموميين في الآجال المحددة بمقتضى النصوص الجاري بها العمل، ويلتمس من الرئيس الأول للمجلس تطبيق الغرامة عند كل تأخير في تقديم الحسابات أو المستندات المثبتة في الآجال المقررة، والغرامة التهديدية عن كل شهر من التأخير عند الاقتضاء.
يضع الوكيل العام للملك مستنتجاته حول تقارير تدقيق الحسابات، من أجل إعداد القرارات التمهيدية أو النهائية، والتي يتوصل بها من طرف المستشار المراجع.
يحضر ممثل النيابة العامة جلسات الحكم، وإذا تغيب عن الحضور تولى رئيس الهيئة تلاوة هذه المستنتجات.
يحيل الوكيل العام للملك إلى المجلس بواسطة قرار العمليات التي قد تشكل تسييرا بحكم الواقع إما من تلقاء نفسه أو بناء على طلب من الجهات المخول لها ذلك قانونا.
في مادة التأديب المتعلق بالميزانية والشؤون المالية :
يحيل الوكيل العام للملك على المجلس قضايا التأديب المالي، إما من تلقاء نفسه أو استنادا إلى إحالة من إحدى الجهات (الداخلية أو الخارجية) المخولة حق رفع هذه القضايا، بناء على الوثائق التي يتوصل بها وعلى المعلومات والوثائق الأخرى التي يمكن أن يطلبها من الجهات المختصة.
يضع مستنتجاته حول التقارير التي يقوم بتحريرها المستشارون المقررون عند الانتهاء من التحقيق.
يحضر جلسات الحكم وأثناء ذلك يمكن أن يقدم ملتمسات جديدة (شفويا)، ويجوز له أن يعين محاميا عاما لتمثيله في هذه الجلسات.
طرق الطعن :
للوكيل العام للملك حق استئناف القرارات الصادرة ابتدائيا عن إحدى غرف المجلس، وكذا الحق في الطعن بالنقض أمام محكمة النقض ضد القرارات النهائية الصادرة استئنافيا عن المجلس، كما أن له الحق في طلب مراجعة القرارات النهائية الصادرة عن المجلس في حال اكتشاف عنصر جديد.
تنسيق ومراقبة عمل النيابة العامة لدى المجالس الجهوية للحسابات :
من خلال التقارير التي يتوصل بها في هذا الصدد من وكلاء الملك.
دراسة وإحالة الأفعال التي قد تستوجب عقوبة جنائية :
على وزير العدل، سواء من تلقاء نفسه أو بإيعاز من الرئيس الأول للمجلس، قصد اتخاذ ما يراه ملائما؛ كما يمكنه، في حال اكتشاف المجلس لأفعال من شأنها أن تستوجب عقوبة تأديبية، إخبار السلطة التي لها حق التأديب بالنسبة للمعني بالأمر بهذه الأفعال.
يسهر الكاتب العام للمجلس على أن تقدم الحسابات والوثائق والمستندات المنصوص عليها في مدونة المحاكم المالية من طرف المعنيين بالأمر في الآجال المحددة، ويشعر الوكيل العام للملك بكل تأخير في هذا الصدد.
ويساعد الرئيس الأول في تنسيق أشغال المجلس وفي تنظيم جلسات هيئات المجلس. ويساهم معه كذلك في تنسيق أشغال المجالس الجهوية.
ويمكن أن يفوض إليه الرئيس الأول إمضاءه بقرار في المسائل التي تتعلق بتسيير موظفي المحاكم المالية.
ويتولى تحت سلطة الرئيس الأول، تسيير المصالح الإدارية للمجلس وكتابة الضبط.
تتولى كتابة الضبط تسجيل الحسابات والوثائق المحاسبية الأخرى المقدمة إلى المجلس وتوزيعها على الغرف حسب برنامج أشغال المجلس، وتقوم بحفظ الحسابات والوثائق المذكورة وكذا بتبليغ قرارات وإجراءات المجلس الأخرى، كما تشهد بصحة نسخ ومختصرات الأحكام القضائية.
كل قرارات المجلس ذات الصلة بنشاطه المرتبط بالمراقبة يتم التداول بشأنها بصفة جماعية في الهيئات التالية :
الجلسة الرسمية :
يعقد المجلس جلسات رسمية على الخصوص لتنصيب القضاة وتلقي أداء يمينهم. ويحضر هذه الجلسات الرئيس الأول والوكيل العام للملك وجميع القضاة.
هيئة الغرف المجتمعة :
تعقد هيئة الغرفة المجتمعة جلساتها من أجل :
إبداء الرأي في المسائل المتعلقة بالاجتهاد القضائي أو المسطرة.
البت في القضايا المعروضة على المجلس إما مباشرة من لدن الرئيس الأول أو بناء على ملتمس النيابة العامة أو المحالة عليه بعد نقض قرار سبق للمجلس أن أصدره.
وتتألف هيئة الغرف المجتمعة من الرئيس الأول والوكيل العام للملك ورؤساء الغرف وقاض عن كل غرفة ينتخبه نظراؤه لمدة سنة، وفضلا عن ذلك يمكن أن يحضر جلساتها رؤساء المجالس الجهوية للحسابات وذلك بدعوة من الرئيس الأول.
هيئة الغرف المشتركة :
تبت هيئة الغرف المشتركة في طلبات الاستئناف المرفوعة ضد القرارات النهائية الصادرة ابتدائيا عن غرف أو فروع غرف المجلس في القضايا المتعلقة بالبت في الحسابات وبالتأديب المتعلق بالميزانية والشؤون المالية.
وتتألف هذه الهيئة من خمسة قضاة ويرأسها رئيس غرفة يعين سنويا بأمر للرئيس الأول.
غرفة المشورة :
تصادق غرفة المشورة على التقرير السنوي للمجلس والتقرير المتعلق بتنفيذ قانون والتصريح العام بالمطابقة.
ويجوز استشارتها من طرف الرئيس الأول في القضايا التي يرى رأيها فيها ضروريا.
وتتألف هذه الهيئة من الرئيس الأول ورؤساء الغرف والكاتب العام للمجلس وأقدم مستشار في كل غرفة.
الغرفــــــة :
إن عدد وتأليف وتوزيع اختصاصات غرف المجلس يتم تحديدها بقرار للرئيس الأول.
ولا تعقد جلسات الغرف وفروعها إلا بحضور خمسة قضاة من بينهم رئيس الغرفة أو الفرع.
ويتوفر المجلس حاليا على سبعة غرف، تتكلف واحدة منها بممارسة اختصاصات المجلس في ميدان التأديب المتعلق بالميزانية والشؤون المالية، غرفة أخرى بالبت في طلبات استئناف الأحكام النهائية الصادرة عن المجالس الجهوية و غرفة أخرى بالتصريح الاجباري للممتلكات.
أما فيما يخص توزيع الاختصاصات على الغرف الأربعة الأخرى فقد تم على أساس قطاعي بما أن كل منها يمارس مجموع الاختصاصات المخولة للمجلس تجاه عدد من القطاعات الوزارية والأجهزة العمومية التابعة لها.