Les juridictions financières sont composées de la Cour des Comptes, compétente sur les services de l’Etat ainsi que ceux des établissements et entreprises publics, et des 12 Cours Régionales des Comptes, chargées d’assurer le contrôle des comptes et la gestion des régions et des autres collectivités territoriales et de leurs groupements.

La Loi n°62.99 formants code des juridictions financières, fixe les attributions, l’organisation et les modalités de fonctionnement de la cour des comptes (livre premier) et des cours régionales des comptes (livre II), ainsi que le statut particulier des magistrats de ces juridictions financières (livre III).

La Cour des Comptes adopte une approche rigoureuse dans la programmation des missions de contrôle, qui repose sur l’identification des risques, l’estimation de la valeur ajoutée et de l’impact de la mission sur la vie des citoyens, et le maintien de la flexibilité nécessaire pour s’ouvrir aux problèmes et enjeux existants ou émergents.

La cour vérifie les comptes des services de l’Etat ainsi que ceux des établissements publics et des entreprises dont le capital est souscrit exclusivement par l’Etat ou des établissements publics ou conjointement par l’Etat, des établissements publics et des collectivités territoriales.

La Cour des Comptes exerce, à travers ses attributions juridictionnelles, un pouvoir de sanction à l’encontre des personnes ayant commis des infractions se rapportant à la mauvaise gestion des deniers publics.

Si la cour relève des faits de nature à justifier une sanction disciplinaire, le procureur général du Roi signale ces faits à l’autorité ayant pouvoir disciplinaire à l’égard de l’intéressé, S’il s’agit de faits qui paraissent de nature à justifier une sanction pénale, le procureur général du Roi, de sa propre initiative ou à la demande du Premier président, saisit le procureur général du Roi près la cour de cassation pour la prise des mesures qu’il juge appropriées et en avise l’autorité dont relève l’intéressé.

A la fin de chaque exercice, La Cour des Comptes produit un rapport annuel sur les résultats des missions effectuées. Elle produit également des référés du Premier Président, le rapport sur l’exécution de la Loi des finances, la Déclaration générale de conformité, les rapports particuliers des missions de contrôle de gestion et des rapports thématiques.

La Cour des Comptes rend public les rapports annuels, qui renseignent sur l’ensemble des missions effectuées au cours de l’année.
Elle publie annuellement le rapport de l’audit des partis politiques, le rapport sur l’exécution de la loi de finances. La Cour des comptes publie les résultats de l’examen des comptes de campagnes électorales des mandataires des listes de candidature, et ce à l'occasion des scrutins.
Et en vue d’accompagner les réformes stratégiques du pays, la Cour des Comptes procède à la publication des rapports thématiques portant sur des chantiers et secteurs divers.
Elle publie également des extraits des arrêts/ jugements rendus ainsi que les règles qui en sont dégagées.

Tous les rapports rendus publics sont téléchargeables depuis le portail officiel de la Cour.
Les rapports sont également publiés sur les bulletins officiels.

La Cour des Comptes accorde une attention particulière aux réclamations parvenues. Elle en a fixé les modalités de réception, d’examen, de suivi et de la communication autour des résultats de son traitement.
Dans ce sens, la Cour des Comptes a mis en ligne une plateforme de signalement permettant à toutes les parties prenantes, y compris les citoyennes et citoyens de soumettre et de suivre leurs réclamations, tout en garantissant l’anonymat des lanceurs d’alertes.