La Cour des Comptes est également compétente pour contrôler l'emploi des fonds publics reçus par les entreprises, associations ou, tous autres organismes bénéficiant d'une participation au capital ou d'un concours quelle que soit sa forme de la part de l'Etat, d'un établissement public ou de tout autre organisme soumis au contrôle de la Cour des Comptes.

L'objectif de ce contrôle est de s'assurer que les fonds publics reçus ont été employés conformément aux objectifs visés par la participation ou le concours.

Les procédures de contrôle, de communication des observations et d'établissement des rapports sont similaires à celles suivies en matière de contrôle de la gestion.